Cette voie doit sa dénomination au collège des Bons Enfants, fondé en 1208, en faveur de treize écoliers pauvres.

Anciens noms : ruelle par où l'on va au Collège des Bons Enfants · chemin qui va à Clichy · rue des Écoliers Saint-Honoré · rue des Escholiers Saint-Honoré