Il peignait à contre-courant de son siècle, dans des tons éteints et des compositions immobiles ; les impressionnistes le méprisaient, Gauguin, Seurat et Picasso l'ont copié.
Pierre Puvis de Chavannes meurt le 24 octobre 1898 au 89 avenue de Villiers, dans le 17e arrondissement. Il a soixante-treize ans. Sa compagne de longue date, la princesse roumaine Marie Cantacuzène, qu'il avait fini par épouser quelques mois plus tôt, était morte en août.
Son œuvre est partout dans Paris et personne ne la regarde. Il a peint la vie de sainte Geneviève au Panthéon, l'hémicycle de la Sorbonne, l'escalier de l'Hôtel de Ville, les murs du musée des Beaux-Arts de Lyon et de la bibliothèque publique de Boston. Ce sont des décors monumentaux commandés par la République, exposés dans ses édifices, vus chaque jour par des milliers de gens.
Sa manière est déroutante pour son siècle. Alors que la peinture officielle exige le fini, le modelé, l'illusion, et que les impressionnistes cherchent la vibration lumineuse, Puvis peint en aplats mats, dans des tons éteints, avec des figures immobiles disposées comme des frises. Il ne cherche ni le relief, ni le mouvement, ni la couleur éclatante. Il veut que la peinture murale reste mur, qu'elle ne perce pas l'architecture.
Ce refus fait de lui, malgré lui, le père d'une modernité. Gauguin admire ses aplats et son refus du naturalisme. Seurat étudie ses compositions. Maurice Denis et les Nabis se réclament de lui. Picasso s'en souviendra pour ses périodes bleue et rose. Van Gogh écrit à son frère son admiration pour ses figures. Les symbolistes le tiennent pour un maître.
Sa position politique est celle d'un notable républicain. Ses commandes viennent de la Troisième République qui construit sa mythologie civique : Geneviève sauvant Paris, les sciences, le travail, la paix.
Il a présidé la Société nationale des beaux-arts, fondée en 1890 en rupture avec le Salon officiel, qui accueillera Rodin et les modernes.
