Peinture de Bouchot représentant le conseil des Cinq-Cents lors du coup d'état du 18 Brumaire.
En juillet 1799, le Club des Jacobins tentait de se reconstituer sous le Directoire. Il fut chassé de salle en salle et fermé définitivement en août — trois mois avant Bonaparte.
Après Thermidor, le Club des Jacobins avait été fermé. Mais en 1799, le régime du Directoire agonisait et les néo-Jacobins tentaient un retour. Ils se réunissaient au Manège, près des Tuileries, sous le nom de « Société des Amis de l'Égalité et de la Liberté ». Leur ton : radical, hostile aux milieux d'affaires qui dominaient le régime.
Le 26 juillet 1799, une dénonciation forçait le club à fuir le Manège. Il se réfugia au 31 de la rue du Bac, rive gauche. Le 13 août, il fut définitivement fermé par ordre du Directoire — Fouché, nommé ministre de la Police le 20 juillet de la même année, aux commandes de la répression.
Ce fut la fin de la tradition jacobine organisée. Trois mois plus tard, le 18 brumaire an VIII — 9 novembre 1799 —, Bonaparte renversait le Directoire. Les Jacobins qui avaient espéré reprendre la main n'en eurent pas le temps.
La place Saint-Thomas-d'Aquin, où ils tinrent leurs dernières réunions, n'a gardé aucune trace de ce passage.