Le pont Marie est emporté par les flots lors de la crue exceptionnelle du 27 février au 6 mars 1658. 22 maisons sont détruites et 50 personnes noyées. Le niveau maximum est de 8,81 m au pont de la Tournelle.
Dans la nuit du 1ᵉʳ mars 1658, la crue exceptionnelle de la Seine frappe de plein fouet le pont Marie. Vers une heure du matin, une pile et deux arches cèdent, entraînant dans le fleuve les rangées de maisons bâties sur le pont depuis le milieu du XVIIᵉ siècle. Au total, 20 à 22 maisons s’effondrent, emportant avec elles leurs habitants surpris dans leur sommeil ; les sources varient, mais évoquent plusieurs dizaines de victimes, entre une trentaine et plus de cinquante noyés.
Cette catastrophe s’inscrit dans l’une des plus grandes crues connues de la Seine à Paris : le niveau atteint environ 8,8 m à l’échelle du pont de la Tournelle, record absolu des quatre derniers siècles, supérieur encore à celui de 1910. Une grande partie de la ville est sous l’eau ; des rues entières se parcourent en barque et l’eau refoule par les égouts jusque dans les rez‑de‑chaussée. On rétablit d’abord une liaison provisoire en bois, avant de reconstruire en pierre les arches détruites à partir de 1667, sans réédifier les maisons disparues : l’épisode contribue à discréditer durablement l’idée même de ponts habités à Paris