Au 14 de la rue Bonaparte, derrière une façade sobre qui donne sur le quartier Saint-Germain-des-Prés, se cache l'un des lieux les plus chargés de Paris. Tout commence en 1608 quand la reine Marguerite de Valois — la fameuse reine Margot — installe ici des moines Augustins réformés et leur fait construire une chapelle dotée du premier dôme jamais élevé à Paris. Elle les chasse cinq ans plus tard, mais la coupole, elle, demeure. Le couvent reste, son cloître devient cette belle cour du Mûrier que l'on peut encore parcourir.

La Révolution transforme tout. En 1792, l'archiviste et historien Alexandre Lenoir a l'idée géniale de transformer les bâtiments confisqués en refuge pour les sculptures et monuments arrachés aux églises et couvents saccagés partout en France. Le Musée des Monuments français est officiellement institué par la Convention en septembre 1794 : c'est le premier musée de sculpture médiévale au monde. Il fermera en 1816, sous la Restauration, et les architectes François Debret puis Félix Duban remodèleront les lieux pour en faire l'École des Beaux-Arts.

L'École devient alors un creuset artistique bouillonnant. Dans ses ateliers, le peintre Charles Gleyre — surnommé le « parnassien gris » — forme plus de cinq cents élèves, parmi lesquels Auguste Renoir, Alfred Sisley et Frédéric Bazille, futurs piliers de l'impressionnisme. Pendant la guerre de 1870, ses salles se muent en atelier de confection de vareuses et pantalons pour la Garde nationale. En 1871, lors de la Semaine sanglante, des Fédérés s'y retranchent ; non loin, un homme confondu avec le communard Édouard Vaillant est arrêté rue Bonaparte et fusillé avec dix-huit gardes nationaux. En 1897, les étudiants manifestent violemment contre l'arrêté qui ouvre les portes de l'École aux femmes.