À l'extrémité du faubourg Saint-Antoine, là où la ville se fondait jadis dans les champs, une abbaye cistercienne de femmes prend racine à la fin du XIIe siècle. Fondée vers 1198 à l'initiative de Foulques le Vénérable, curé de Neuilly-sur-Marne, avec l'appui de Philippe II Auguste et de l'évêque de Paris Odon de Sully, la maison accueille d'abord des femmes « dévoyées » — prostituées repentantes ou marginales que l'on veut ramener dans le droit chemin. Rattachée à l'ordre de Cîteaux en 1204, elle devient une abbaye prospère dont les abbesses savent jouer des faveurs royales : Charles VII leur accorde des privilèges en 1442, Louis XI va plus loin en 1471 en octroyant une charte d'exemptions aux artisans établis dans l'enceinte abbatiale — acte fondateur du formidable bouillonnement industriel du faubourg Saint-Antoine.

L'abbaye est aussi un décor de roman et un théâtre d'histoire. C'est aux alentours de ses murs que François Rabelais fait se rencontrer Pantagruel et Panurge en 1532. En 1540, Charles Quint y reçoit les clefs de Paris des mains du prévôt des marchands. En 1590, Henri IV y entretient une liaison avec l'abbesse Anne de Thou — le roi en guerre trouve le temps de se faire instruire dans la foi catholique par une religieuse, dit-on avec malice. Trois ans plus tard, des tractations secrètes pour son entrée dans Paris se nouent encore dans ces murs.

La Révolution chasse les religieuses et transforme les bâtiments en hôpital, vocation qu'ils conservent. En mai 1871, les soldats versaillais y fusillent dans la cour les fédérés blessés qu'ils y trouvent — épisode parmi les plus sombres de la Semaine sanglante.