Seul des généraux pris à Metz et à Sedan à s’être évadé, Justin Clinchant fait passer en Suisse, désarmée, l’armée de l’Est le 1er février 1871. De retour à Versailles en avril, il reçoit le 5e corps, chargé de réprimer la Commune, le seul des cinq corps versaillais confié à un général républicain. Pendant la Semaine sanglante, ses troupes prennent la gare Saint-Lazare, la Concorde, l’Opéra, puis les portes Saint-Denis et Saint-Martin ; selon l’historien Jacques Rougerie, les massacres sont presque inexistants dans les opérations qu’il mène au nord de la capitale. Gouverneur militaire de Paris en 1880, il meurt à Paris le 20 mars 1881, à 60 ans. Il repose dans la 49e division, avenue Transversale n° 1, dans une chapelle marquée « Familles de Milly et général Clinchant ».
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