Le 1er avril 1798, Notre-Dame de Paris est affectée au culte théophilanthropique. Pendant trois ans, la plus grande cathédrale de France accueille non plus des messes mais des cérémonies en l'honneur d'un dieu vague, universel, compatible avec la raison et la morale républicaine.
La théophilanthropie est une invention du Directoire — une religion sans prêtres, sans dogme précis, sans miracles. Elle croit en Dieu et en la vertu, célèbre la nature, honore les grands hommes, et se réunit le décadi — le dixième jour du calendrier révolutionnaire, substitut républicain du dimanche. Ses fondateurs, dont le libraire Chemin-Dupont, avaient voulu créer un culte civique accessible à tous, capable de remplir le vide laissé par la déchristianisation violente de la Terreur sans pour autant restaurer le catholicisme.
Le Directoire y voit une utilité politique : occuper les églises réquisitionnées, donner aux citoyens un cadre moral sans réhabiliter le clergé. Une douzaine d'églises parisiennes sont affectées à ce culte — Saint-Sulpice, Saint-Eustache, et Notre-Dame elle-même.
L'expérience est sincère mais fragile. Les fidèles restent peu nombreux, les cérémonies sont froides, la liturgie improvisée manque de profondeur. Napoléon Bonaparte, en signant le Concordat avec le pape en 1801, met fin à l'expérience : Notre-Dame retrouve ses prêtres, et la théophilanthropie disparaît aussi vite qu'elle était apparue.
Elle avait duré trois ans. L'Église avait duré vingt siècles. Les rapports de force étaient inégaux.