On lui demande d'écrire une lettre sous la dictée pour comparer son écriture à celle d'un traître ; sa main tremble un peu, et cela suffit à ouvrir douze années de guerre civile française.
En septembre 1894, une femme de ménage de l'ambassade d'Allemagne, agent du contre-espionnage français, rapporte une lettre déchirée trouvée dans une corbeille : le bordereau. Ce document anonyme, adressé à l'attaché militaire allemand Schwartzkoppen, énumère des renseignements militaires français livrés à l'Allemagne. Un traître opère à l'état-major.
L'enquête est menée par la Section de statistique, service de renseignement de l'armée. Elle se fixe très vite sur Alfred Dreyfus, capitaine d'artillerie, polytechnicien, stagiaire à l'état-major. Aucune preuve matérielle ne le désigne. Deux éléments jouent contre lui : son écriture présente une ressemblance jugée suffisante avec celle du bordereau, et il est juif, alsacien, seul officier juif de l'état-major, dans une armée profondément antisémite où la presse de Drumont désigne les Juifs comme ennemis de la nation.
Le 15 octobre 1894, Dreyfus est convoqué au ministère de la Guerre, 14 rue Saint-Dominique dans le 7e arrondissement, en civil, pour une prétendue inspection. Le commandant du Paty de Clam l'accueille en feignant une blessure à la main et lui demande d'écrire une lettre sous sa dictée, destinée au général de Boisdeffre. Le texte dicté reprend les phrases du bordereau. Dreyfus écrit sans se troubler. Du Paty l'interrompt : "Vous tremblez !" Il ne tremblait pas.
L'arrestation est immédiate. Du Paty pose un revolver devant lui en suggérant le suicide. Dreyfus refuse et réclame un examen des faits. Il est conduit à la prison du Cherche-Midi, au secret, sans que sa famille en soit informée.
Le conseil de guerre le condamnera le 22 décembre à la déportation perpétuelle, sur la foi d'un dossier secret que la défense n'aura jamais vu. Il sera dégradé le 5 janvier 1895 dans la cour de l'École militaire et déporté à l'île du Diable.
Il faudra douze ans, un article de Zola, deux procès, une révision et la réhabilitation de 1906 pour défaire ce qui s'est décidé en une heure dans un bureau de la rue Saint-Dominique.