Quai de la Gare Saint-Lazare en 1933, Agence Roi, Wikimedia
Alors qu’il avait rendez-vous le 10 février 1943 sur un quai de la gare Saint-Lazare avec Guy Gaultier, Mariette fut arrêté par plusieurs inspecteurs de la BS2. Il portait sur lui deux feuilles avec des rendez-vous, une feuille avec des notes manuscrites, deux feuilles avec des plans, huit reçus, une carte d’identité au nom de Chagnot portant sa photographie.
Son domicile 107 rue de la Glacière (XIIIe arr.), fut perquisitionné: ils saisissaient, entre autres, un revolver à barillet dans la table de nuit, neuf cartouches 7,65 mm dissimulés dans une boîte de cachets, huit feuilles manuscrites, et un numéro de l’Humanité du 30 octobre 1942. Sévèrement battu au moins à sept reprises lors de ses interrogatoires, il déclara qu'il n'a jamais participé à un attentat et de ne pas connaître d'autres militants dont la police lui montra les photos.
Il fut déporté le 11 juillet 1943 à Natzwiller-Struthof (Bas-Rhin), classé « NN » Nuit et Brouillard, ce qui signifiait condamné à disparaître. Matricule 4489 il y mourut le 13 août 1943, trente-trois jours après son arrivée. Son acte de décès fut transcrit à Malakoff où il était domicilié en dernier lieu, avenue Pierre Larousse. Un membre de sa famille porta plainte devant la commission d’épuration de la police contre les inspecteurs qui arrêtèrent Alfred Mariette.