Nichée entre la cathédrale et le bras nord de la Seine, la rue Chanoinesse est l'une des voies les plus anciennes de l'île de la Cité. Son nom dit tout : elle longe le territoire où résidaient les chanoines du chapitre de Notre-Dame, dans l'enceinte même du cloître. L'arrêté du 19 décembre 1874 lui annexa la rue des Marmousets — qui portait jadis le nom de rue des Brouillards — pour lui donner son tracé actuel de 190 mètres, de la rue du Cloître-Notre-Dame jusqu'à la rue d'Arcole.
Le sous-sol garde la mémoire de Lutèce : des vestiges de l'enceinte gallo-romaine ont été mis au jour en 1908 aux numéros 18 et 20, témoins discrets d'une ville déjà fortifiée avant même que les évêques ne s'installent sur l'île. Au Moyen Âge, la rue est au cœur de la vie intellectuelle de Paris. C'est au n° 10 que Fulbert, chanoine jaloux et oncle d'Héloïse, logeait la jeune femme qu'il confiait aux leçons de Pierre Abélard — leçons qui tournèrent au scandale retentissant. Abélard, poussé hors du cloître Notre-Dame entre 1113 et 1118, emmène ses étudiants sur la rive gauche : la rue Chanoinesse est, en quelque sorte, la matrice du Quartier Latin. Guillaume de Champeaux et Bernard de Clairvaux gravitent eux aussi dans cette orbite disputée. Au n° 12, une légende macabre née vers 1387 fait frissonner : un barbier y aurait livré les cadavres de ses clients — jusques à des dignitaires de l'Église — à un pâtissier voisin, qui en aurait garni ses pâtés. Fiction ou fait divers déformé, l'histoire colle à la noirceur de ces ruelles médiévales.
Les siècles classiques apportent des noms plus policés. Jean Racine habite au n° 16 entre 1672 et 1677, années de pleine gloire dramatique. Le bâtiment conserve encore une pompe et un puits dans sa cour. En 1802, au n° 14 — l'une des dernières maisons à colombages de Paris —, meurt le docteur Xavier Bichat, fondateur de l'anatomie moderne, à moins de trente-deux ans. Henri Lacordaire, disciple fougueux de Lamennais, y séjourne au n° 17 vers 1835-1836, avant de renouer avec la prédication dominicaine. La Commune de 1871 laisse, elle, la trace de Pierre Antié, garde national du n° 13, combattant à la barricade de la Madeleine. Partout dans la rue, des cours discrètes recèlent puits encore en eau, pierres tombales recyclées en dallage et vestiges de l'une des vingt-trois églises que comptait jadis la seule Cité.