La rue Chapon est l'une des plus anciennes de ce quartier du Marais, et son nom porte à lui seul sept siècles d'histoire populaire. Au XIII° siècle, les registres la désignent sous le latin vicus Roberti Begonis, sive Caponis — la ruelle de Robert Bégon, dit « le Chapon ». Ce sobriquet d'un habitant anonyme traversera le temps sous diverses graphies : rue Robert Bégon, rue Capon, rue du Coq, avant de se fixer en « Chapon ». En 1851, une décision ministérielle réunit cette voie à la rue du Cimetière Saint-Nicolas, lui donnant son tracé actuel entre la rue du Temple et la rue Saint-Martin.
La Révolution y a laissé une trace matérielle saisissante : au n° 38, une vieille plaque de pierre grave encore l'ancien nom de la rue, mais les lettres « St » ont été soigneusement grattées — effacement de la sainteté catholique dans la pierre même, geste menu et éloquent de la déchristianisation de 1793.
La rue Chapon est surtout, au XIX° siècle, une artère ouvrière et militante. En 1816, l'affaire dite « des Patriotes » frappe l'un de ses habitants : le graveur Edme Tolleron, victime d'une provocation policière montée sous la Restauration, est condamné et décapité en place de Grève — l'un des derniers suppliciés ainsi sous l'Ancien Mode. Plus tard, au cœur du Second Empire, le n° 16 abrite en 1868 le second siège de l'Association internationale des travailleurs (A.I.T.) et la rédaction de La Tribune ouvrière, journal des chambres syndicales. Eugène Varlin, relieur et figure majeure de l'Internationale, y est alors très présent, ayant pris la tête de la section parisienne. Autour de lui gravite toute une constellation d'artisans et de militants — Augustin Avrial, Amédée Combault, Jean-Pierre Héligon, Alphonse Humbert — dont plusieurs habiteront la rue ou y tiendront leur activité politique jusqu'à la Commune de 1871.
La tradition militante de la rue ne s'éteint pas avec le XIX° siècle : sous l'Occupation, une imprimerie clandestine tourne au n° 10, produisant notamment Libération-Nord, et c'est au n° 48 que, en août 1944, trois organisations de la police parisienne se réunissent pour décider l'insurrection qui précédera la Libération de Paris.