Fin mai 1871, l’armée versaillaise reprend le quartier de Charonne. Le Gaulois du 1er juin raconte qu’on enlève les cadavres de Belleville, de Popincourt et de la Roquette pour les ensevelir « entre une double couche de chaux et de terre dans les tranchées creusées à Charonne et à Bagnolet ». Maxime Du Camp, hostile à la Commune, ne compte que 134 corps portés à Charonne. En 1897, le creusement du réservoir de Charonne fait démolir l’annexe du cimetière, de l’autre côté du chemin du Parc-de-Charonne : les terrassiers mettent au jour près de 800 squelettes encore vêtus d’uniformes, que leurs boutons désignent comme des fédérés fusillés sommairement. Ils sont réinhumés la même année, sans épitaphe, le long du mur sud du cimetière ; une plaque rappelle les faits.
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