Il avait été le premier évêque de France à jurer fidélité à la Constitution civile du clergé. Le 7 novembre 1793, à la tribune de la Convention, il dépose sa croix et son anneau et coiffe le bonnet rouge. Cinq mois plus tard, il monte sur l’échafaud, confessé par lettre.
Jean-Baptiste Gobel n’a rien d’un jeune exalté. Né à Thann, en Alsace, en 1727, évêque auxiliaire de Bâle sous le titre d’évêque de Lydda, il est élu en 1789 député du clergé aux États généraux, où il rédige avec Castellane l’article de la Déclaration des droits sur la liberté d’opinion. Le 3 janvier 1791, il est le premier évêque à prêter serment à la Constitution civile du clergé. Les électeurs de Paris le choisissent pour évêque ; huit évêques, dont Talleyrand, le sacrent le 27 mars 1791. Les gravures vendues alors portent sous son portrait : « Vox populi, vox Dei ». Michelet le range parmi les « prêtres philosophes », moralistes qui acceptaient le christianisme « comme véhicule de morale ».

Deux ans plus tard, la Révolution ne demande plus des prêtres constitutionnels, mais plus de prêtres du tout. À l’automne 1793, la Commune de Paris mène la déchristianisation : son procureur, Chaumette, et son substitut, Hébert, en sont les meneurs, avec Anacharsis Cloots, le baron prussien qui se veut « orateur du genre humain ». Chaque soir, raconte Michelet, Cloots et Chaumette viennent chez Gobel lui montrer que son christianisme philosophique est devenu inutile. Le 16 brumaire an II (6 novembre), la Convention laisse aux communes le soin de régler les affaires du culte. Le soir même, Gobel cède ; son conseil épiscopal l’approuve par quatorze voix contre trois.
Le lendemain, 17 brumaire, la séance s’ouvre aux Tuileries, dans l’ancienne salle des Machines, par la lettre d’un prêtre marié qui traite ses confrères de charlatans et réclame une pension : une lettre « habilement combinée », juge Michelet, par les comités de gouvernement, hostiles à l’initiative de la Commune, pour avilir d’avance la démission de l’évêque. Gobel entre alors, précédé du maire Pache, de Chaumette et de Momoro, suivi de onze de ses vicaires. Toujours attaché, dit-il, « aux principes éternels de l’égalité, de la morale », il renonce à exercer « les fonctions de ministre du culte catholique ». Il dépose sa croix et son anneau, coiffe le bonnet rouge qu’on lui tend et reçoit l’accolade du président, Moyse Bayle. Il quitte la prêtrise, non sa foi : il « n’abjura aucune doctrine », note Michelet. D’autres députés ecclésiastiques le suivent à la tribune ; Thomas Lindet, évêque de l’Eure, avertit : « Ce n’est pas tout de détruire, il faut remplacer. » Sieyès déclare n’avoir plus d’autre culte que celui de la liberté et de l’égalité. En fin de séance, l’abbé Grégoire, évêque de Blois, tient tête à la Montagne : « Je suis évêque, je reste évêque. »

En quelques jours, plusieurs évêques et un grand nombre de prêtres déposent leurs titres ; à Bourges, on brûle les lettres de prêtrise sur un bûcher, et les patriotes, qui sont pauvres, donnent du linge et leurs boucles de souliers en argent. Le soir même du 17, Chaumette demande que la fête de la Raison, prévue au cirque du Palais-Royal, se tienne à Notre-Dame, la cathédrale de Gobel : elle y a lieu le 20 brumaire (10 novembre). Partout, dans les classes gouvernantes, note Kropotkine, ce fut « une explosion de haines contre la République ». Robespierre, qui veut un culte de l’Être suprême, ne dit à Cloots qu’un mot : « Vous vouliez nous gagner la Belgique catholique, et vous la mettez contre nous ! »
Gobel paie au printemps. Après la chute des hébertistes, il est jugé avec Chaumette et guillotiné le 24 germinal an II (13 avril 1794), le même jour que Lucile Desmoulins et la veuve d’Hébert. De la Conciergerie, il avait fait passer sa confession écrite à son ancien vicaire, l’abbé Lothringer, en le priant de l’absoudre au passage, à la sortie de la prison. Il signait « évêque de Lydda ». Lothringer est le prêtre qui avait confessé Philippe-Égalité, le 6 novembre.