La rue des Écoles n'a pas l'ancienneté de ses voisines : c'est une création haussmannienne, percée en deux temps sous le Second Empire — d'abord entre la rue Jean de Beauvais et le boulevard Saint-Michel par décret de juillet 1852, puis prolongée vers la rue du Cardinal Lemoine par décret d'août 1855. Son nom dit l'essentiel : elle traverse le cœur du vieux quartier des écoles, ce territoire intellectuel qui s'étend entre la Sorbonne et le Collège de France, et que les clercs du Moyen Âge avaient déjà fait leur. Sous ses pavés, l'histoire est littéralement enfouie : au n° 2, les fondations de la poste recouvrent encore une arche du canal de la Bièvre, vestige médiéval, et c'est là que se dressait la porte Saint-Victor de l'enceinte de Philippe Auguste, ouverte vers l'abbaye du même nom de 1209 jusqu'à la démolition de la muraille en 1686.
La Révolution laisse sur la rue des traces sanglantes. Au séminaire Saint-Firmin, reconverti en prison, 91 prêtres « non-jureurs » sont massacrés lors des journées de Septembre 1792 — l'une des scènes les plus sombres de la Terreur populaire. Non loin, aux n° 44-46, les vestiges de la commanderie Saint-Jean de Latran accueillent les expériences anatomiques du jeune Xavier Bichat, qui travaille ici sur les tissus vivants avec une fièvre qui consumera sa santé. Quelques décennies plus tard, la rue voit naître la presse militante : au n° 19 bis est imprimé le Journal des hommes libres de tous les pays, proche des idées de la Conjuration des Égaux.
La Commune de 1871 transforme la rue en champ de bataille. Au n° 50 s'élève la grande barricade dite du Collège de France, armée de deux mitrailleuses ; les Versaillais répliquent en positionnant un canon au n° 62 pour l'écraser. Au n° 45, des combattants — déserteurs présumés et étrangers ralliés à la Commune — sont massacrés pendant la Semaine sanglante. Quelques années plus tard, la même rue retrouve une vie intellectuelle fiévreuse : Paul Verlaine loge au n° 5, hébergé par Rachilde, future Mme Vallette, dont le salon et le Mercure de France feront de l'adresse un foyer du symbolisme. Le café du n° 53 attire les esprits, les Hydropathes d'Émile Goudeau ont leurs premiers bureaux au n° 50, et Lénine y donne trois conférences sur la question agraire en 1902-1903. La rue des Écoles, large et rectiligne, n'a pas l'allure romantique des ruelles médiévales qu'elle a remplacées, mais elle porte en elle deux millénaires de tumulte parisien.