La place Saint-Germain-des-Prés n'existe comme telle que depuis le décret du 28 juillet 1866 : c'est le baron Haussmann qui dégage cet espace devant la façade de l'une des plus vieilles églises de Paris, dégageant enfin un parvis que des siècles de bâtiments parasites avaient étouffé. Mais le sol sur lequel on foule les pavés est infiniment plus ancien. Les vestiges les plus anciens de l'église qui donne son nom à la place remonteraient au VIe siècle, à l'époque de saint Germain, évêque de Paris — faisant de ce lieu le dépositaire des plus anciens témoignages chrétiens de la capitale. Dès 779, Charlemagne y installe l'un de ses premiers centres d'études, embryon de ce qui deviendra la culture savante parisienne. Au tout début du XVIe siècle, l'évêque Guillaume Briçonnet et le philosophe Jacques Lefèvre d'Étaples tentent depuis l'abbaye une réforme des mœurs monastiques qui préfigure les grandes secousses religieuses du siècle.
Le clocher de l'église, lui, sert de poste d'observation à Henri IV lors du siège de Paris en 1589. Deux siècles plus tard, la Révolution s'empare violemment du lieu : en septembre 1792, c'est dans la cour longeant le flanc de l'église que Stanislas Maillard préside les premiers massacres de Septembre. L'église est ensuite transformée en fabrique de salpêtre, puis consacrée au culte des Théophilanthropes entre 1797 et 1801. À deux pas, au n° 4, Jean Paquotte, membre de la Section de l'Unité, est guillotiné le 11 thermidor an II — ironie cruelle, au lendemain même de la chute de Robespierre.
La place retrouve sa vocation de carrefour intellectuel au XIXe et surtout au XXe siècle. Le 22 mars 1895, dans la salle de la Société d'encouragement à l'industrie nationale (n° 2–4), Louis Lumière présente pour la première fois son cinématographe au public — projection non payante, mais historique. Les années 1930 font de la place un refuge pour les intellectuels en fuite : des exilés allemands s'y réunissent en conférences, débattent de la montée du nazisme, et Marc Sangnier y anime les cercles de la jeunesse sociale. Au 6 de la place, les Deux Magots cristallisent toutes ces agitations : c'est là que James Joyce croise pour la première fois Ernest Hemingway, que Paul Éluard présente Dora Maar à Picasso en 1935, et que le pamphlet Un cadavre contre André Breton est rédigé en 1929. Dans les années de l'après-guerre, le café devient le quartier général des existentialistes — une réputation qui lui colle encore à la peau.