La rue du Temple tire son nom de la destination qu'elle a longtemps assignée aux voyageurs : mener à la Commanderie du Temple, l'imposant enclos fortifié que les Templiers édifièrent au nord du marais à partir du XIIIe siècle. Avant d'être unifiée par décision ministérielle du 18 février 1851 — qui fond en elle les rues des Coquilles, de la Barre du Bec et Sainte-Avoie —, elle s'appelait tour à tour rue de la Milice du Temple, grande rue du Temple ou encore ruelle Jean Gentien, autant de noms qui trahissent l'empilement de ses strates médiévales. Sous ses pavés, l'histoire affleure littéralement : en 1995, des travaux au niveau du n° 15 mettent au jour le fossé de l'enceinte du XIe siècle, et plus loin, aux n° 62 et 69, subsistent les traces de la muraille de Philippe Auguste et d'une de ses tours.
C'est au n° 158 que bat le cœur de la rue. En 1306, Jacques de Molay accueille Philippe IV le Bel dans son enclos pour le protéger d'une émeute populaire ; l'ironie est cruelle — un an plus tard, le roi fait arrêter le Grand Maître et cent quarante de ses chevaliers dans ce même lieu, confisquant tous leurs biens. La malédiction des Templiers, dit-on, commence ici. Le prieuré traverse les siècles : Louis XIV en fait un refuge pour les bâtards royaux en 1594 ; sous la Régence, les dîners orgiaques qui s'y donnent forgent l'expression « boire comme un Templier » ; en 1765, Jean-Jacques Rousseau y séjourne brièvement, hôte du prince de Conti. Napoléon fait raser le donjon entre 1808 et 1811 — officiellement pour épargner à Marie-Louise la vue de la prison où sa tante Marie-Antoinette avait été enfermée, et pour décourager les pèlerinages royalistes.
La rue est aussi un théâtre de vie savante et littéraire. Au n° 79, l'hôtel de Louis de Montmor accueille Gassendi, qui y meurt en 1655, et résonne bientôt des lectures du Tartuffe de Molière. Une controverse médicale retentissante sur la circulation sanguine s'y joue dès 1628. Honoré de Balzac adolescent habite au n° 122 entre 1814 et 1819 ; c'est au n° 36 que le libraire Pollet lui signe l'un de ses premiers contrats. Un peu plus bas, au n° 41, le jeune Étienne Lenoir — futur inventeur du moteur à combustion interne — débute comme garçon dans une auberge. Pendant les Trois Glorieuses, le n° 71 sert de quartier général à la commune républicaine centrale ; en 1848, un club révolutionnaire s'installe à l'emplacement même de l'ancien prieuré. La rue du Temple, artère de 1 335 mètres reliant la rue de Rivoli à la place de la République, n'a jamais cessé d'être un passage obligé de l'histoire.