Le boulevard Saint-Germain doit son nom au faubourg qu'il traverse — ce vaste territoire placé depuis le haut Moyen Âge sous la tutelle de l'abbaye Saint-Germain-des-Prés, dont le saint patron, l'évêque Germain de Paris (496–576), a donné son nom à l'église, au quartier, et finalement au boulevard. Mais la voie elle-même est une création haussmannienne tardive : un premier décret du 11 août 1855 lance le percement entre le quai de la Tournelle et le boulevard Saint-Michel ; un second, du 28 juillet 1866, achève le tracé jusqu'au quai Anatole France. En trois kilomètres et trente mètres de large, le baron Haussmann découpe, déplace, efface — et révèle, parfois malgré lui, ce que la ville cachait depuis des siècles.
Car sous les pavés, l'histoire est littéralement là. Aux numéros 4 et 7 bis, des vestiges de l'enceinte de Philippe Auguste (vers 1209) subsistent encore dans les caves. Au n° 89 s'élevait la porte des Cordeliers, adjonction tardive à cette même enceinte, debout jusqu'en 1684. Plus loin, au n° 162, le pilori des abbés de Saint-Germain-des-Prés rappelait, jusqu'au XVIIe siècle, que les abbés exerçaient ici haute et basse justice. Un moulin tournait au n° 188 dès 1368, et entre 1598 et 1604 un cimetière protestant s'étendait au n° 186 — autant de couches englouties par le tracé impérial.
La Révolution française hante chaque dalle. Au n° 130, Danton emménage après son mariage en 1787 — il signe alors « d'Anton », coquetterie nobiliaire aussitôt abandonnée — et c'est là qu'il est arrêté à six heures du matin en 1794, refusant de fuir : « On n'emporte pas sa patrie sous la semelle de ses souliers. » Camille Desmoulins loge dans le même immeuble. Non loin, la prison de l'Abbaye (n° 135–137) concentre les horreurs de la Terreur : tribunal improvisé pendant les massacres de Septembre 1792, incarcération de Gracchus Babeuf, emprisonnement de Beaumarchais — accusé par le procureur Manuel de malversations dans l'affaire des fusils de Hollande, puis libéré par ce même Manuel pour éviter tout soupçon de règlement de comptes. Au n° 149, Denis Diderot réside de 1754 à 1784 et y attaque la rédaction de l'Encyclopédie.
Le XIXe siècle y naît aussi : Charles Baudelaire voit le jour en 1821 dans une rue rasée par le percement lui-même, et Alfred de Musset naît au n° 57 entre 1810 et 1812. Le maréchal Masséna, vaincu par Wellington sur les lignes de Torres Vedras, meurt au n° 284 le 4 avril 1817. Puis vient le XXe siècle des cafés — la Brasserie Lipp au 151, le Café de Flore au 172 — où Sartre, Beauvoir, Camus, Prévert, Queneau et Apollinaire font de ce boulevard la capitale intellectuelle de l'après-guerre. Saint-Germain n'est pas un boulevard : c'est une stratigraphie.